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1936年7月，學(xué)校更名為廣西大學(xué)醫(yī)學(xué)院。1937年2月，學(xué)校更名為廣西軍醫(yī)學(xué)校。1939年4月， 學(xué)校更名為廣西省立醫(yī)藥專(zhuān)科學(xué)校。1939年9月，學(xué)校恢復(fù)更名為廣西省立醫(yī)學(xué)院。1940年2月， 學(xué)校及附屬醫(yī)院遷往桂林，以七星巖棲霞寺為校址復(fù)課、開(kāi)診。1944年9月，桂林告急， 學(xué)校先后分路遷往昭平、八步、融水、三江等地。1945年8月，日本投降，抗戰(zhàn)勝利， 同年11月學(xué)校全部師生返回桂林。1946年7月，學(xué)校遷入桂林棲霞路新址辦學(xué)。

1949年10月，新中國(guó)成立，11月22日桂林解放，學(xué)校更名為廣西省醫(yī)學(xué)院。 1950年，學(xué)校學(xué)制改為五年。1953年，學(xué)校名稱(chēng)改為廣西醫(yī)學(xué)院。1954年， 校址遷回南寧津頭村，辦學(xué)環(huán)境得到改善，師資隊(duì)伍不斷擴(kuò)大，招生人數(shù)逐年增長(zhǎng)， 教學(xué)、科研取得新進(jìn)展。1966年，“文化大革命”開(kāi)始，全校停課。1966年至1970年， 受“文革”影響，停止招生五年。1971年，開(kāi)始招收工農(nóng)兵學(xué)員，學(xué)制三年。1977年， 學(xué)校教學(xué)秩序恢復(fù)正常，學(xué)制復(fù)改為五年，分設(shè)醫(yī)學(xué)系和衛(wèi)生系。

1978年，學(xué)校開(kāi)始招收碩士研究生和外國(guó)留學(xué)生，是當(dāng)時(shí)全國(guó)8所最早接收外國(guó)留學(xué)生的醫(yī)學(xué)院校之一。 1981年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)，是我國(guó)第一批碩士學(xué)位授權(quán)單位，1984年我校兒科學(xué)專(zhuān)業(yè)獲得博士學(xué)位授予權(quán)， 是廣西高校第一個(gè)博士點(diǎn)，1988年開(kāi)始招收博士研究生。1992年10月，經(jīng)自治區(qū)人民政府同意， 學(xué)校更名為廣西醫(yī)科大學(xué)。1996年5月，國(guó)家教育部批準(zhǔn)學(xué)校更名為廣西醫(yī)科大學(xué)

2020年5月學(xué)校成為自治區(qū)人民政府與國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)共建的高校。 2021年成為自治區(qū)“十四五”規(guī)劃重點(diǎn)支持建設(shè)國(guó)內(nèi)同類(lèi)一流大學(xué)的高校。 學(xué)校辦學(xué)規(guī)模不斷擴(kuò)大，現(xiàn)擁有南寧-校本部、南寧-武鳴校區(qū)、 南寧-五象校區(qū)（在建）、玉林校區(qū)4個(gè)校區(qū)，共占地約3300畝。 擁有5所直屬附屬醫(yī)院，10所非直屬附屬醫(yī)院。