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1936年7月,，學校更名為廣西大學醫(yī)學院,。1937年2月，學校更名為廣西軍醫(yī)學校,。1939年4月,， 學校更名為廣西省立醫(yī)藥專科學校,。1939年9月,，學校恢復(fù)更名為廣西省立醫(yī)學院,。1940年2月,， 學校及附屬醫(yī)院遷往桂林，以七星巖棲霞寺為校址復(fù)課,、開診,。1944年9月，桂林告急,， 學校先后分路遷往昭平,、八步、融水,、三江等地,。1945年8月，日本投降,，抗戰(zhàn)勝利,， 同年11月學校全部師生返回桂林。1946年7月,，學校遷入桂林棲霞路新址辦學,。

1949年10月，新中國成立,，11月22日桂林解放,，學校更名為廣西省醫(yī)學院,。 1950年，學校學制改為五年,。1953年,，學校名稱改為廣西醫(yī)學院。1954年,， 校址遷回南寧津頭村,，辦學環(huán)境得到改善，師資隊伍不斷擴大,，招生人數(shù)逐年增長,， 教學、科研取得新進展,。1966年,，“文化大革命”開始，全校停課,。1966年至1970年,， 受“文革”影響，停止招生五年,。1971年,，開始招收工農(nóng)兵學員，學制三年,。1977年,， 學校教學秩序恢復(fù)正常，學制復(fù)改為五年,，分設(shè)醫(yī)學系和衛(wèi)生系,。

1978年，學校開始招收碩士研究生和外國留學生,，是當時全國8所最早接收外國留學生的醫(yī)學院校之一,。 1981年獲得碩士學位授予權(quán)，是我國第一批碩士學位授權(quán)單位,，1984年我校兒科學專業(yè)獲得博士學位授予權(quán),， 是廣西高校第一個博士點，1988年開始招收博士研究生,。1992年10月,，經(jīng)自治區(qū)人民政府同意， 學校更名為廣西醫(yī)科大學,。1996年5月,，國家教育部批準學校更名為廣西醫(yī)科大學

2020年5月學校成為自治區(qū)人民政府與國家衛(wèi)生健康委員會共建的高校。 2021年成為自治區(qū)“十四五”規(guī)劃重點支持建設(shè)國內(nèi)同類一流大學的高校,。 學校辦學規(guī)模不斷擴大,，現(xiàn)擁有南寧-校本部、南寧-武鳴校區(qū),、 南寧-五象校區(qū)（在建）,、玉林校區(qū)4個校區(qū)，共占地約3300畝,。 擁有5所直屬附屬醫(yī)院,，10所非直屬附屬醫(yī)院。